далее отлавливаем когда юнит вошёл в область ( ближнюю к воде )

Можно отталкиваться от центра области воды. Но в любом случае, нужно на одной карте делать 2 куска ландшафта одинаковых по размерам (ширина, высота) и перемещать юнита при применении способности из одной области в другую
Дальше нужно просто применять фильтры, "резать карту" (я хз какие действия за это отвечают, но смысл в том, что бы игрок не мог видеть на миникарте одновременно и верх и подводное пространство), камеру не двигать, скорее, а перемещать мнгновенно.
Но суть в общем то все равно в вычислении координат и сопоставлении их с координатным пространством в другом участке карты.