Солид Снейк (Твёрдый Змей (англ. Solid Snake)) — главный герой, контролируемый непосредственно игроком. «Легендарный Наёмник» (англ. Legendary Mercenary), известный миру по событиям во «Внешних Небесах» (англ. Outer Heaven). Предпочитает работать в одиночку, спокойный, уверенный в себе профессионал. Довольно циничен, всегда берёт с собой на задание пачку сигарет как своеобразный талисман. Не любит разговоры о прошлом, не интересуется жизнью других людей. На момент действия MGS отошёл от дел и проживает отшельником на Аляске. О его происхождении известно очень немногое. По ходу игры узнается, что он сын, а точнее клон Big Boss, который был первым Змеем и основал FoxHound.
Мерил Сильвербёрг (Meryl Silverburgh) — племянница (возможно, дочь) полковника Кэмпбелла. С детства мечтала стать солдатом и была большой поклонницей FOXHOUND и Солида Снейка. Случайно оказалась на Shadow Moses в момент захвата базы, отказалась присоединиться к террористам и была заключена в тюремную камеру. Обладает хорошей физической подготовкой и великолепной реакцией, пытается казаться опытным солдатом, но, до событий MGS, никогда не стреляла в живых людей. В игре является своеобразным напарником Снейка.
Киборг-Ниндзя/Грей Фокс (Серый Лис (англ. Gray Fox)) — лучший оперативник FOXHOUND, единственный, имевший в кодовом имени слово «fox». В Outer Heaven присоединился к Биг Боссу (Большой Босс (англ. Big Boss)) и был вынужден противостоять своему старому другу Солиду Снейку. Погиб в сражении на минном поле. Вскоре его тело было восстановлено и заключено в экзоскелет, благодаря чему приобрело огромную силу и ловкость. Все эти операции проводились на Shadow Moses. Фактически Грей Фокс получил второе рождение, но единственной целью его существования стала встреча со Снейком. В качестве оружия использует особую, высокотехнологичную версию катаны, которой способен отбивать пули. В игре является противником Снейка, но в конце отдаёт за него жизнь.
Хел «Отакон» Эммерих (Hal «Otacon» Emmerich) — главный конструктор Metal Gear REX, заблуждающийся относительно возможностей применения своего детища. Любит аниме, отсюда его никнейм, и многие идеи для своих проектов берёт именно оттуда. Труслив и не способен к лидерству, но отзывчив и умен. Отличный хакер. Симпатизирует Снайпер Вульф (англ. Sniper Wolf) после короткого знакомства. Помогает Снейку после встречи, оказывая ему поддержку по кодеку.

FOXHOUND

Ликвид Снейк (Жидкий Змей (англ. Liquid Snake)) — генетический брат Солида Снейка, главный злодей. Полевой командир террористов, жестокий и расчётливый максималист,
Револьвер Оцелот (англ. Revolver Ocelot) — также известен как Шалашаска (Shalashaska). Правая рука Ликвида Снейка, специалист по допросам, нередко убивающий свою жертву. В прошлом был связан с СССР, но после крушения коммунистического режима стал наёмником, затем присоединившись к FOXHOUND. Фанатик огнестрельного оружия, предпочитает револьверы. Большой любитель вестернов — носит ковбойские сапоги со шпорами.
Снайпер Вульф (Волчица-Снайпер (англ. Sniper Wolf)) — снайпер FOXHOUND, по национальности — курд. В отличие от остальных снайперов работает в одиночку, часто используя успокоительное. Боготворит Биг Босса. Хладнокровная убийца, зацикленная на своей жертве. Подкармливает волков, живущих на Shadow Moses.
Психо Мантис (Психобогомол (англ. Psycho Mantis)) — самый могущественный экстрасенс в мире, ранее работавший на КГБ и ФБР. Обладает способностями к телекинезу и телепатии, кроме того, может предсказывать будущее, левитировать и контролировать волю других людей. Очень слаб физически.
Вулкан Рейвен (Вулканический Ворон (англ. Vulcan Raven)) — огромный шаман-эскимос, специализирующийся на тяжелом вооружении. В прошлом тоже являлся сторонником Биг Босса. Профессор Аляскинского Университета, обладает сверхъестественными возможностями.
Декой Октопус (Приманивающий Спрут (англ. Decoy Octopus)) — самый загадочный член FOXHOUND. Эксперт по маскировке и перевоплощению, способен буквально превращаться в нужного человека, причём копируется практически все, начиная от голоса и заканчивая составом крови.

Группа поддержки

Значительную часть игрового времени занимают переговоры между Снейком и его начальством по кодеку (англ. codec), особому типу рации. Они происходят не в реальном времени ― игрок может в любой момент выйти на связь, не заботясь об игровой обстановке. Таким образом передаётся значительная часть сюжета ― в этом отношении MGS можно сравнить с радиопьесой. Игрок не способен самостоятельно выбирать тему разговора, за исключением справки по вооружению или предметам инвентаря[15]. Длинные диалоги разрешается пропускать.
Рой Кэмпбелл (Roy Campbell) — отставной солдат, назначенный Пентагоном главой миссии по нейтрализации террористов. Ранее непосредственный начальник Солида Снейка и командир части FOXHOUND. Лично заинтересован в успехе операции на Shadow Moses из-за Мерил, но по этой же причине вынужден лгать Снейку, умалчивая некоторые известные ему факты. По кодеку даёт указания относительно дальнейших действий.
Учитель Миллер (Master Miller) — своеобразный наставник Снейка, обеспечивавший ему поддержку ещё в Outer Heaven. Его советы касаются в основном выживания во враждебной среде, но предназначаются и для игрока в том числе. По ходу игры оказалось, что это не кто иной, как брат Снейка - Жидкий Снейк, притворился учителем и слушал переговоры.
Мэй Линг (Mei Ling) — аналитик, родом из Китая. Ей поручено сохранять всю информацию, накопленную во время миссии ― связь с этим персонажем позволяет записывать игру для дальнейшего прохождения. В качестве награды за такой непривычный механизм сохранения каждый раз цитирует Снейку китайские пословицы.
Наоми Хантер (Naomi Hunter) — глава медицинского отдела FOXHOUND, девушка с тёмным прошлым, специализацией которой является генетика. Во время миссии является главным источником информации о противниках.
Наташа Романенко (Natasha Romanenko) — эксперт в области ядерного вооружения и разоружения, единственный необязательный персонаж[16] в контакт-листе кодека. От неё можно получить справку касательно всего оборудования, найденного и использованного Снейком. Никогда не расстается со своей сигарой.

Остальные

Дональд Андерсон (Donald Anderson) — шеф DARPA, взятый в заложники террористами. Наряду с ArmsTech финансировал проект Metal Gear REX.
Кеннет Бейкер (Kenneth Baker) — президент ArmsTech, одной из ведущих компаний на рынке вооружений. Заложник.
Джим Хаусмен (Jim Houseman) — Министр Обороны США. Контролирует антитеррористическую операцию на Шэдоу-Мозес.
Джонни Сасаки (Johnny Sasaki) — один из охранников на Шэдоу-Мозес. Комический персонаж, периодически испытывающий проблемы с желудком.